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免疫全景标记

基因表达和分析服务，检测可归因于 38 种关键免疫细胞亚型、个体基因和比率的免疫特征谱

人类肿瘤中各种免疫细胞活性之间的相互作用有助于患者对检查点抑制剂治疗的反应以及患者总体结局。使用 FFPE 或新鲜冷冻肿瘤样本分离的 RNA 或总核酸，可以在 Illumina RNA 测序、NanoString 或 HTG EdgeSeq 基因表达平台进行 RNA 表达分析。许多免疫特征谱也适合使用外周血单个核细胞 (PBMC) 或全血样本进行研究。

在项目中，单个标记的结果输出为免疫特征谱评分、不规范化并标准化。免疫特征谱评分可用于确定实体瘤的免疫原性状态。这些标记也可用于单因素或多因素分析治疗反应和生存以及其他临床病理学和基因组学共因素（如肿瘤突变负荷）。

产品亮点

  • 38 种免疫特征谱的检测，表征关键免疫细胞亚型、通路和个体基因，在许多癌症类型中具有潜在预测和预后效用（正在发布）。
  • 在不同癌症适应症的数千份 RNA 表达肿瘤样本中专业开发了包含个体免疫特征谱的基因集，以构建归因于特定免疫细胞亚型的共同表达簇。
  • 在所有癌症类型中，所有标记均显示与无事件生存期相关（事件、疾病进展或死亡）或整体存活率或两种相关，与治疗类型无关（正在发表）。
  • 我们灵活提供精简分析，可包括受关注的新基因或基因组。
  • 可作为以下平台的输出：
    • Illumina RNA Access（首选 FFPE），Illumina TruSeq Stranded mRNA 测序，Stranded Total Gold RNA 测序
    • NanoString PanCancer 免疫谱分析检测板，NanoString PanCancer IO 360 检测板
    • HTG EdgeSeq 免疫肿瘤学检测板，HTG EdgeSeq OBP 检测板

免疫全景标记
标记 描述
1 细胞毒性淋巴细胞免疫标记 (CLIS) 抗肿瘤免疫活性，包括 CD8+ 细胞毒性 T 细胞，自然杀伤细胞和 CD4+ 效应 T 细胞
2 CD8+ T 细胞标记 主要适应性免疫杀伤细胞（细胞毒性 T 淋巴细胞，或 CTL）
3 B 细胞标记 抗原呈递和抗体产生，通常与更好的预后相关
4 T 细胞迁移 (TCT) 标记 CXCR3 配体，T 细胞动员
5  M2 TAM 巨噬细胞标记  抗炎，促肿瘤和免疫抑制活性
6 IFN-γ (IFNG) 一般免疫活性的关键标志物（单基因）
7 TGF-β (TGFB1) 一般免疫抑制活性的标志物（单基因）
8 伤口愈合标记 促进血管生成，可能反映慢性炎症，以及免疫抑制活性的标志物，与干细胞属性相关
9 IFN-γ 反应（IFNG 反应）标记 对 IFN-γ 的基质反应（通常为抑制性）
10 TGF-β 反应标记 对 TGF-β的基质反应（高度抑制性）
11 LAG3 一般免疫活性的关键标志物（单基因）
12 FOXP3 调节性 CD4+ T 细胞的关键标志物（单基因）
13 IFNG 伽马干扰素表达（单基因）
14 TGFB1 免疫抑制的关键标志物（单基因）
15 VSIR AKA VISTA，一种免疫检查点基因，抑制 T 细胞应答（单基因）
16 未成熟树突状细胞 (iDC) 标记 正常树突状细胞活性标志物（通常与更好的预后相关）
17  IL 抗炎信号转导  与抗炎过程相关的白介素信号转导，主要通过 IL5 和 IL10 进行
18  IL 促炎信号转导  与促炎过程相关的白介素信号转导，主要通过 IL6 和 IL8 进行，通常是预后较差的指标 
19  M0 巨噬细胞标记  非活化巨噬细胞的生物标志物，与更差的生存结果相关
20  M1 巨噬细胞标记  极化巨噬细胞的生物标志物，通常具有抗肿瘤属性
21  NK 细胞标记  细胞毒性抗肿瘤自然杀伤细胞活性
22  NK CD56dim 细胞标记  一种细胞毒性抗肿瘤自然杀伤细胞亚型，在某些肿瘤类型中显示与积极的预后改善相关
23  Th1 RAS GEF 标记  Th1 专有的与鸟苷酸交换因子相关的细胞外信号转导 MEK/RAS 通路标记。该高标记水平与较差的预后极其相关。
24  Th2 IL 标记  2 型辅助性 T 细胞白介素活性指标
25  Th17 标记  分别来源于 Th1 和 Th2 谱系的促炎辅助性 T 细胞亚群。根据适应症的不同，它们有时与生存期呈正相关，有时与生存期呈负相关。
26  T 细胞运输/M2 TAM 比率  动员与抑制效应 T 细胞。无事件生存期和总生存期的有用结局预测因子（Jones 等人2020 Cancers）。
 aka TCT/M2TAM
27  CD28/CTLA4 比值  T 细胞活化 (CD28)/负调节剂 (CTLA4) 检查点
28  PD1/PDL1 比值  T 细胞失活检查点。通常，PD1/PDL1 比值高意味着预后更好，而比值低则意味着预后更差。
29   PD1 (PDCD1)  重要免疫检查点基因（单基因）
30  PDL1 (CD274)  重要免疫检查点基因（单基因）
31  CD28  重要免疫检查点基因（单基因）
32  CTLA4  重要免疫检查点基因（单基因）
33  NOS1  一种抗肿瘤活性介质。肿瘤微环境 (TME) 中其水平升高，如 TGFB1，通常与较差的预后相关（单基因）
34  IRF8  一种多效性免疫相关基因，效应复杂，具体取决于适应症和预后（单基因）
35  TOX  可能是 T 细胞耗竭的标志物，但它的存在通常与较好的预后相关（单基因）
36  IL2  对 T 和 B 细胞增殖都很重要的细胞因子，且它的存在通常与较好的预后相关（单基因）
37  IL6  支持免疫抑制髓源性抑制细胞 (MDSC)，通常与较差的预后相关（单基因）
38  IL10  一种多效性免疫相关基因，效应复杂，具体取决于适应症和预后（单基因）

 

产品交付成果

  • 免疫特征谱评分卡，在项目中依据患者标准化
  • 平台依赖原始数据输出文件。
  • 与可用治疗反应相关性的定制统计分析。

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