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生物信息学服务

基因组学数据见解分析解决方案

基因组学改变 – DNA 和 RNA

全面了解您样本中的基因组改变,对于了解您的受关注感兴趣疾病至关重要。Q2 Solutions 有多种解决方案,可帮助您最大限度地利用数据的完整价值。

解决方案
SNP 和 Indels – 胚系、肿瘤-正常、仅肿瘤*
拷贝数变化 – 胚系、体细胞
结构变体
TMB
新抗原
融合
RNA SNP 和 Indels – 胚系和体细胞*
RNA TMB*
*询问可用性
  • 在各种服务类型中提供 DNA 变异识别,范围是从 Thermo-Fisher 测序仪器上的小型靶板到对 Illumina 仪器进行的全基因组测序。
  • 我们的专有的 WES TMB 算法可在有或无正常配对的情况下运行,这在业界为少数不多。
  • 新抗原产品线提供优先列表的候选标靶,其汇编是将我们的高置信变异体识别与基因表达数据结合起来。
  • 我们的专有基因融合算法 (STAR-SEQR) 属于市场上最准确和敏感的算法。
  • 我们利用新的策略来减轻与 RNA 序列变异体识别相关的并发症,以准确识别变异。

 

基因融合敏感性鉴别

计划 TP FP 灵敏度
STAR-SEQR(v0.6.3) 49 0 98%
Pizzly(v0.37.3) 45 2 90%
STAR-Fusion(v.0.8.0) 44 1 90%
JAFFA(v1.07) 43 0 86%
MapSplice(v2.2.1) 42 1 84%
FusionMap(2015-3-31) 36 0 72%
defuse(v0.6.2) 35 1 70%
FusionCatcher(v0.99.6a) 31 0 62%
STAR+OncoFuse(v1.07) 31 0 62%
Tophat-Fusion(v2.0.14) 28 1 56%
FusionHunter(v1.4) 20 6 40%
EricScript(v0.0.5) 39 0 78%

 

定量和鉴别

凭借拥有近十年的 NGS 经验,Q2 Solutions 已经开发了用于数据准确识别和定量的工具和程序。

  • 自定义两组比较方法与公开的其他算法相比,提供了卓越的结果。
  • 据证明,我们的流感测序产品管道在毒株鉴定中的准确度为 100%。
  • ERIC 认证的 IgHV 分析流程 - Q2 Solutions 目前是北美唯一一家具备此认证的实验室。
  • HLA 通过 RNA 测序或 DNA 测序识别,准确度相同。

 

解决方案
基因和异构体定量
两组比较
B 细胞和 T 细胞库
IgHV 鉴定
HLA 分型
16S 微生物测序
流感毒株鉴别

 

定制服务和标记

Q2 Solutions 拥有广泛的定制分析经验,包括标准途径和基因集富集分析,直至生物标志物发现。

  • 我们可以根据要求生成定制的 RNA 标记或复制已发布的 RNA 标记。
  • 我们的免疫特征谱表征肿瘤中的免疫细胞浸润的活动和类型。
  • 使用多个临床特征或使用预测细胞毒性免疫浸润等标记分析治疗反应和生存。

 

解决方案
生物标志物发现
RNA 标记识别和解释
基于 DNA 的标记和识别
免疫格局/肿瘤微环境标记
基因集富集分析
路径分析

 

Q2 Solutions 已发表的 TMB 对比癌症基因组图谱 (TCGA) 配对值
tmb-vs-tcga-published-values
对于 7 种适应症的样本,Q2 Solutions 的 TMB 计算值对比 TCGA 计算值

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